中微量元素肥包括中量元素肥和微量元素肥：

中量元素肥料，是指在作物干物質組分中，鈣、鎂、硫的含量一般在百分之一到萬分之一，稱為中量元素，含有這些元素的肥料稱為中量元素肥料。包括鈣肥（如石灰、氯化鈣）、鎂肥（如硫酸鎂、無水鉀鎂礬）和硫肥（如硫黃、石膏）。它們只局限于在某些土壤和作物上施用。 

如紅壤上施用石灰，以矯正土壤酸度，減輕或免除作物受到磷離子、二價鐵離子、二價錳離子的毒害；紅壤中鎂的含量普遍較低，是鎂肥的顯效地區；硫肥主要用于堿土和風化程度高、淋溶作用強、有機質含量低的缺硫土壤和對缺硫敏感的作物。

微量元素包括硼、鋅、鉬、鐵、錳、銅等營養元素。雖然植物對微量元素的需要量很少，但它們對植物的生長發育的作用與大量元素是同等重要的，當某種微量元素缺乏時，作物生長發育受到明顯的影響，產量降低，品質下降。另一方面，微量元素過多會使作物中毒，輕則影響產量和品質，嚴重時甚至危及人畜健康。隨著作物產量的不斷提高和化肥的大量施用，對微量元素肥料的施用逐漸迫切。在微量元素肥料中，通常以鐵、錳、鋅、銅的硫酸鹽、硼酸、鉬酸及其一價鹽應用較多。